Язык Вавилона

Было несколько заявлений о дешифровке на основании этих предположений, но они не получили широкого признания. В первую очередь потому, что предложенные алгоритмы расшифровки были основаны на стольких догадках, что с их помощью можно было бы извлечь осмысленную информацию из любой случайной последовательности символов. Основной аргумент в пользу этой теории заключается в том, что использование странных символов европейским автором едва ли можно объяснить иначе, чем попыткой скрыть информацию. Действительно, Роджер Бэкон разбирался в шифрах, а предположительный период создания манускрипта приблизительно совпадает с рождением криптографии как систематизированной науки.

Против этой теории выступает наблюдение о том, что использование полиалфавитного шифра должно было уничтожить «естественные» статистические свойства, которые наблюдаются в тексте манускрипта Войнича, такие как закон Цапфа. Также, хотя полиалфавитный шифр и был изобретён примерно в 1467 году, его разновидности стали популярны только в XVI веке, что несколько позднее предполагаемого времени написания манускрипта.

Шифр по кодовой книге

Согласно этой теории, слова в тексте манускрипта в действительности являются кодами, которые расшифровываются в особом словаре или кодовой книге. Основной довод в пользу теории это то, что внутренняя структура и распределение длин слов сходны с используемыми в римских цифрах, которые были бы естественным выбором для этой цели в то время. Однако, кодирование, основанное на кодовых книгах, удовлетворительно только при написании коротких сообщений, так как оно очень обременительно для письма и чтения.

Визуальный шифр

Джеймс Финн (James Finn) предположил в своей книге «Надежда Пандоры» (Pandora’s Hope) (2004), что манускрипт Войнича на самом деле визуально закодированный текст на иврите. После того, как буквы в манускрипте были правильно транскрибированы на «Европейский алфавит Войнича» (ЕАВ, или EVA на английском), многие слова в манускрипте могут быть представлены как слова на иврите, которые повторяются с различными искажениями, чтобы ввести в заблуждение читателя.

Например, слово AIN из манускрипта – это слово «глаз» на иврите, которое повторяется как искажённая версия в виде «aiin» или «aiiin», что производит впечатление нескольких разных слов, хотя на самом деле это одно и то же слово. Предполагается возможность использования и других методов визуального кодирования.