mixOmics для гуманитариев

pca2)

Следующая команда:

My_result.pca2

Выведет собственные значения для первых трех главных компонент:

PC1       PC2       PC3

2.8142478 1.2477355 0.7394421

Пропорциональное отношение объяснённой ими дисперсии:

PC1            PC2            PC3

0.5433274      0.2408917      0.1427590

И совокупное значение оной по мере увеличения числа главных компонент:

PC1            PC2            PC3

0.5433274      0.7842191      0.9269781

К сожалению, не существует строгих правил, руководствуясь которыми можно определить, сколько компонентов должно быть включено в PCA, – это зависит от данных и от уровня шума.

Зачастую просто по приведённой выше диаграмме делают вывод о том, что увеличение количества главных компонент в модели не способствует резкому увеличению оставшейся доли объяснённой дисперсии.

С другой стороны, всегда можно посмотреть на переменные коэффициенты в каждом компоненте с векторами нагрузки. Весы нагрузки представлены по убыванию абсолютной величины снизу вверх.

Абсолютное значение указывает на важность каждой переменной для определения каждого главной компоненты и представлено длиной каждого прямоугольника:

plotLoadings(My_result.pca)

Можно открыть справку командой ?plotLoadings, чтобы ознакомиться с полным списком аргументов. Следующий пример покажет только две темы, оказавших наибольше влияние на разделение, с указанием их названий и увеличением шрифта на 10%:

plotLoadings(My_result.

pca, ndisplay = 2,

name.var = c('первая тема','вторая тема','третья тема','четвертая тема','пятая тема'),

size.name = rel(1.1))

Такое представление будет особенно информативным в случае, когда необходимо выбирать из нескольких переменных. Диаграммы и графики можно отображать интерактивно в 3D, используя стилевую опцию style="3d". Для этого используется пакет rgl, устанавливаемый и подключаемый предварительно:

Конец ознакомительного фрагмента.

Текст предоставлен ООО «ЛитРес».

Прочитайте эту книгу целиком, купив полную легальную версию (https://www.litres.ru/denis-vladimirovich-solomatin/mixomics-dlya-gumanitariev/) на ЛитРес.

Безопасно оплатить книгу можно банковской картой Visa, MasterCard, Maestro, со счета мобильного телефона, с платежного терминала, в салоне МТС или Связной, через PayPal, WebMoney, Яндекс.Деньги, QIWI Кошелек, бонусными картами или другим удобным Вам способом.