Что такое COVID19/SARS-CoV-2

Принадлежит к семейству Coronaviridae, подсемейству Orthocoronavirinae, род Betacoronavirus, подрод Sarbecoviridae. Размер вируса – 0,1 микрон (60—140 нм).

На вирусной поверхности находятся гликопротеиновые «шипы» – спайки (S, spike), состоящие из двух субъединиц (S1 и S2). [6] S-гликопротеин SARS-CoV-2 связывается с рецепторами клеток-хозяев через ангиотензин-превращающий фермент 2 (ACE2), что является решающим для проникновения вируса. [7] Было обнаружено, что TMPRSS2 (трансмембранная протеаза серина 2) является кофактором для проникновения SARS-CoV-2 в здоровые клетки.

Протеаза TMPRSS2 способствует «энзиматическому срезанию» S1 и S2. Протеазы фурин и катепсин В и L способствуют освобождению попавших в клетку вирионов от капсидов (Bergmann et al, 2020, [231]). Коронавирусы также имеют мембрану (M), нуклеокапсид (N) и белки envelope (E).

Схематическое изображение SARS-CoV-2

Сегмент S1 связывается с рецепторами клеточной мембраны.

Сегмент S2 способствует слиянию вируса с клеткой.

Значение спайк-белка: начальная связь ? протеолитическая активность ? слияние с мембраной. [230]

Receptor-binding domain (RBD) вируса SARS-CoV-2 имеет более высокую аффинность для связи с рецептором ACE2, чем вирус SARS-CoV (более эффективное проникновение в клетку). Однако, аффинность целого протеина S вируса SARS-CoV-2 к рецептору ACE2 похожая или даже ниже, чем у SARS-CoV. RBD вируса SARS-CoV-2, скорее всего, менее незащищенный (lying down position), тогда как RBD вируса SARS-CoV имеет standing up position.

[230]

SARS-CoV-2 состоит как минимум из 14 ORF [231] (Open Reading Frames) с полной длиной 29 903 bp. [93] Его геном похож на SARS-CoV с порядком генов 5» -ORF1ab-S-E-M-N-3». [93] Содержит также РНК-зависимую РНК-полимеразу (RdRp).

SARS-CoV-2 считался генетически более стабильным, чем SARS-CoV и MERS-CoV. Однако, в публикации от 12 марта 2020 было сказано, что в геноме коронавируса SARS-CoV-2, который обнаружен у восьми госпитализированных пациентов в Сингапуре, зафиксирована делеция (потеря части генетического материала).

[8] Как известно, позже произошло еще несколько делеций.

Геном SARS-CoV-2

2 больших ORF (open reading frames) кодируют 2 полипротеина (рр1а и рр1b), которые после протеолитической активности дают начало 16 неструктурным белкам (nsp).