Комдивы НКВД. Пограничные войска РККФ. Том 14

Позже откомандирован в Нижний Новгород, на вновь сформированную Волжскую военную флотилию в качестве флагманского артиллериста. Вернулся в Свияжск, где по личному распоряжению наркомвоенмора Л. Д. Троцкого занялся «приведением в порядок» отступавших частей Красной Армии. Во главе карательного отряда разоружал отступавшие части, расстреливая каждого десятого. Был командиром вооруженного парохода № 5 («Ваня») и Особого отряда моряков Волжской военной флотилии. 10 сентября 1918 года – во время штурма Казани прорвался с четырьмя вооруженными пароходами к пристани Казани, обстрелял город и высадил десант, захватив в плен две роты солдат, и штабные документы.

Получил личную благодарность Л. Д. Троцкого и был награждён часами с секундомером в корпусе из вороненой стали. Участвовал во взятии г. Богородска. Во главе отряда вооруженных пароходов двигался вверх по Каме, захватывая прибрежные населенные пункты. Отличился при взятии г. Елабуги, под звуки «Интернационала» взяв хорошо укрепленный город за 20 минут, захватив 50 орудий и потопив два вооруженных парохода. Получил ранение в руку. За голову Елисеева назначена награда в 80 000 золотых рублей. 1 октября 1918 года – попал в засаду под Пьяным Бором, успел выпрыгнуть за борт тонущего парохода и, продержавшись 37 минут в холодной воде, был подобран подошедшим миноносцем. Совмещал обязанности флагарта и командира особого отряда и отряда кораблей с должностью командира плавбатареи «Атаман Разин». Командуя отрядом из трех миноносцев, освободил 426 пленных партийных и советских работников под г. Сарапул. 24 октября 1918 года – начальник отряда судов Волжской флотилии, действовавшего на р. Каме. Вел активные боевые действия, закончившиеся занятием Ижевского и Воткинского заводов. В середине ноября 1918 года привел корабли в Нижний Новгород для ремонта на Сормовском заводе. Назначен комиссаром штаба Волжской флотилии и ответственным за ремонт кораблей. Жестоко подавил восстание рабочих Сормовского завода. Март-август 1919 года – комиссар морской оперативной разведки и контрразведки. Ноябрь 1919 года – начальник отряда судов особого назначения в районе Астрахани. Зима 1919–1920 – комиссар Северного отряда судов Волжско-Каспийской флотилии. Участвовал в боях за Царицын. 8 мая 1920 года – начальник бригады крейсеров Волжско-Каспийской флотилии. 17 мая 1920 года – вышел в море, держа флаг на вспомогательном крейсере «Роза Люксембург» (бывший танкер, вооруженный 130-мм артиллерией), для участия в Энзелийской операции.