Комдивы НКВД. Пограничные войска РККФ. Том 14

16 июня 1920 года – комиссар Волжско-Камского и Азербайджанского флота. 5 июля 1920 года – выехал на Южный фронт. Июль 1920 года – командир бригады бронепоездов Южного фронта. Август 1920 года – комендант форта Красная Горка и помощник начальника артиллерии Кронштадтской крепости. Осень 1920 года – восстановил боеспособность форта после мятежа в июне 1919 года. В январе 1921 года – оставил морскую службу. Март 1921 года – командуя фортом Красная Горка, выступил против Кронштадтского мятежа. 15 марта 1921 года – вел артиллерийский обстрел фортов Кронштадта и мятежного линкора «Севастополь», повредив последний прямым попаданием 305-мм снаряда.

Награждён орденом Красного Знамени. Петроградский совет рабочих и крестьянских депутатов вручил ему серебряный портсигар с надписью «Честному воину от Петроградского СРКД». Командование Балтфлота наградило его серебряными часами с золотой цепочкой и надписью «Честному моряку за проявленную энергию от Комбалтфлотом». С 23 марта 1921 года – по совместительству назначен помощником коменданта Кронштадтской крепости по военным делам. В апреле-июне 1921 года – занимался восстановлением и перевооружением форта Красная Горка. 16 июня 1921 года стал комендантом и комиссаром приморской крепости Кронштадт. За заслуги по восстановлению крепости объявлена благодарность в приказе по Петроградскому военному округу. Общее собрание командно-комиссарского состава избрало Елисеева Почетным красноармейцем Кронштадтской крепости и Петроградского укрепленного района. Зимой 1921–1922 годов во главе отряда из состава кронштадтского гарнизона участвовал в подавлении Карельского восстания. 16 мая 1922 года – Командир 2-го Балтийского флотского экипажа. Март 1924 года – начальник и комиссар учебного отряда Морских Сил Балтийского моря. Октябрь 1924 года – комендант и комиссар приморской крепости Севастополь. Октябрь 1925 года – Начальник Береговой обороны Чёрного моря с оставлением в должности коменданта крепости Севастополь. В декабре 1926 года откомандирован в Ленинград для учёбы на Курсах усовершенствования высшего начальствующего состава при Военно-морской академии (КУВНАС). В ноябре 1927 года – командующий Береговой обороной Балтийского моря и комендант Кронштадтской крепости. В качестве коменданта занимался модернизацией вооружения фортов Тотлебен и Обручев и батареи Серая Лошадь, а также формированием и боевой подготовкой 5-го морского железнодорожного артиллерийского дивизиона.